Kit de diagnostic pour la détection du SARS-CoV2 (covid19)

Le SARS-CoV-2 (coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère) est le virus responsable de la maladie des coronavirus 2019 (COVID-19). En mars 2020, l’Organisation mondiale de la santé (OMS) a déclaré que la COVID-19 était une pandémie. La voie de transmission du SARS-CoV-2 est encore en cours d’étude. Les chauves- souris sont probablement les hôtes réservoirs du SARS-CoV-2, mais des recherches sont en cours pour déterminer si les pangolins (Manisjavanica) pourraient être considérés comme des hôtes intermédiaires possibles de ce nouveau virus humain. La transmission interhumaine se produit par des gouttelettes en aérosol ou par contact direct.

Le kit MAScIR SARS-CoV-2 est un test qualitatif d’amplification in vitro pour la détection d’acides nucléiques du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2) au niveau des écouvillons nasopharyngés ou oropharyngés, des liquides broncho-alvéolaires (LBA) et des aspirations bronchiques de patients présentant une symptomatologie d’infection par le virus.

Ce kit, destiné à un usage diagnostic in vitro, constitue un outil pour le diagnostic de l’infection au coronavirus humain SARS-CoV-2. Le kit MAScIR SARS-CoV-2 est un test d’amplification in vitro basé sur la réaction en chaine de la polymérase en temps réel (RT-qPCR) pour la détection qualitative et la caractérisation du SARS- CoV-2 dans des échantillons humains.

Ce kit a été validé par plusieurs laboratoires de biologie médicale marocains (les laboratoires de l’hôpital militaire de Rabat, les laboratoires de la gendarmerie, laboratoire de bactériologie et virologie du CHU de Casablanca et l’institut Pasteur de Casablanca) et internationaux tel que l’institut pasteur de Paris.

Le kit MAScIR SARS-CoV-2 M est un test multiplex d’amplification in vitro basé sur la réaction en chaîne de la polymérase en temps réel (RT-qPCR) pour la détection qualitative et la caractérisation du SARS-CoV-2 dans des échantillons humains.

Pour effectuer la RT-qPCR (étape d’amplification), il faut préalablement procéder à l’étape d’extraction et purification des acides ribonucléiques (ARN) du SARS-CoV-2 à partir des types d’échantillons de patients. Les réactifs d’extraction ne sont pas fournis dans le présent kit.

Le kit MAScIR SARS-CoV-2 M ayant été conçu pour ne fonctionner que sur éluât contenant l’ARN purifié du SARS-CoV-2, l’étape d’amplification s’effectue par RT-qPCR directement après rétrotranscription de cet ARN en ADNc.

Le kit MAScIR SARS-CoV-2 M comprend un test en triplex qui ciblent deux gènes viraux du SARS-CoV-2 (RdRp, S) et un contrôle interne d’origine humaine dans le même puits réactionnel.

L’éluât d’ARN est ajouté au mélange réactionnel pour permettre la réalisation de la réaction RT-qPCR. Le mélange réactionnel contient une reverse transcriptase, une Taq Polymerase, un tampon, les désoxyribonucléotides triphosphates (dNTP) ainsi que les amorces et les sondes synthétiques spécifiques des séquences ciblées. L’utilisation de trois différents amorces/sondes dans un seul mélange réactionnel (triplex) a l’avantage de détecter simultanément deux gènes viraux cibles et un contrôle interne en une seule réaction.

Le gène RdRp du SARS-CoV-2 sera détecté qualitativement par le canal FAM, le gène S par le canal Cy5. Le gène cellulaire correspondant à l’IC sera détecté par le canal VIC. Le contrôle interne est utilisé dans le kit pour le contrôle qualité dès la collecte de l’échantillon. Il permet ainsi le contrôle de l’étape de l’extraction d’ARN, de la transcription inverse et l’amplification.

Le kit MAScIR SARS-CoV-2 M peut être utilisé avec différents automates et kits d’extraction d’acides nucléiques (ARN). A ce jour, les tests ont été optimisés à partir de 200-500μL d’échantillon avec les systèmes d’extraction suivants :

  • QIAamp® ARN Blood Mini kit (Qiagen);
  • Purelink Viral RNA/DNA Mini kit (Invitogen);
  • Arrow Viral NA Kit (Nordiag);
  • MagPurix 12A automate de purification d’acide nucléique (Zinexts) ;
  • QIAcube HT automate purification d’acidenucléique (Qiagen).

Le kit MAScIR SARS-CoV-2 M peut être utilisé avec différents systèmes ouverts d’amplification/analyses. A ce jour, les tests ont été optimisés avec les thermocycleurs PCR suivants :

  • Light Cycler 480 II Real-Time PCR (Roche);
  • Applied biosystem 7500 fast (Life technologies) ;
  • Applied biosystem quantstudio 5 et 6 (Life technologies);
  • QTower system qPCR.
Écouvillonnage nasopharyngé et oropharyngé
Extraction des ARN
Amplification PCR
Analyse des données